2016年9月27日，北京中醫藥大學?深圳市人民政府合作辦學備忘錄簽署儀式在深圳五洲賓館隆重舉行。
出席本次簽約儀式的深圳方面領導有，廣東省委副書記、市委書記馬興瑞，市委副書記、市長許勤，市委常委、秘書長郭永航，副市長吳以環，市政協副主席、市醫管中心主任王大平，市政府秘書長、辦公廳主任李廷忠，市教育局局長張基宏，市衛生工委專職副書記廖澍華，龍崗區委副書記、代區長戴斌，坪山新區黨工委副書記、管委會主任陶永欣，市教育局副局長許建領。北京中醫藥大學黨委書記吳建偉，校長徐安龍，副校長谷曉紅，發展規劃處處長郭書文，醫院管理處處長丁霞，科技處副處長姜苗，黨辦、校辦副主任張禮財參加了簽約儀式。儀式由深圳市副市長吳以環主持。
深圳市吳以環副市長首先介紹了雙方合作辦學的背景情況，之后，徐安龍校長與深圳市許勤市長共同簽署了《北京中醫藥大學?深圳市人民政府合作辦學備忘錄》，吳建偉書記、谷曉紅副校長與深圳市馬興瑞書記，郭永航秘書長、吳以環副市長、王大平副主席、李廷忠秘書長等共同上臺見證。
按照合作辦學備忘錄的規劃，北京中醫藥大學深圳校區將成為我校的主體校園之一，結合深圳市經濟社會發展需求和創新驅動發展戰略要求，發揮北京中醫藥大學優勢，建成世界一流的中醫藥大學校區，成為輻射全球的中醫藥國際化高層次創新人才重要培養基地。
校園初步選址在深圳坪山新區。經過8-10年的努力，以中醫藥為主干學科，構建中醫學、中藥學、中西醫結合及各相關學科協調發展的學科體系；形成從本科到博士完整的人才培養體系，初步計劃招收全日制在校生6000人左右（其中本科生3000人、碩士和博士研究生3000人，含留學生約1500人）。深圳校區的招生錄取分數線和學位授予標準與乙方北京校區一致，頒發統一的學歷、學位證書。
為支撐深圳校區發展，雙方還將共同在深圳建設臨床醫學院。此外，學校還計劃把北中醫的金字招牌——國醫堂盡快開辦到深圳，讓深圳市民群眾率先享受到更加優質的中醫醫療服務。
簽約儀式后，徐安龍校長接受了深圳衛視的專訪。他在談話中表示，相較于剛剛度過一甲子生日的北京校區，北京中醫藥大學深圳校區將更加注重傳統醫學與現代科技的結合與創新，利用深圳市獨特的國際化區位優勢和強大的科技創新驅動力，與中醫藥這一古老瑰寶完美結合，在中醫及中西醫結合教育、醫療、藥物研發、健康服務等多領域啟動一個新的開始，打造一個國際化的中醫藥服務中心。未來的深圳校區必將大有可為，這也是北中醫開啟新一個甲子征程的戰略意義之所在。
在簽約儀式之前，吳書記、徐校長、谷校長一行還與深圳市龍崗區、深圳市坪山新區的領導進行了座談，就新校區選址、合作辦醫、科技健康產業合作等議題進行了深入交流并進行了現場考察。雙方商定，將在十月份簽署一系列更為落地的合作協議并舉辦相關活動。
9月27日下午，吳建偉書記、徐安龍校長、谷曉紅副校長等一行參加了北京中醫藥大學廣東省校友見面會，來自廣東省的近二十名校友參加了座談。